И что-то у меня в умолчальном профиле Djvu Small так не получилось...
Вот здесь пример
Example.zip:
По-этапно
1. Залил в SK файл Source.tif
2. Выделил оригинальную чернобелую иллюстрацию картинку как picture zone
3. В папке \out\ создался файл pic.0002.tif
4. Файл pic.0002.tif подменил файлом ColorRelictPicture.tif -> pic.0002.tif (для того чтобы выглядело красивее)
5. В SK picture Zone -> Merge zones ... -> All
6. В папке \out\ файл 0001.tif обновился (текст чернобелый, картинка цветная)
7. Залил в Djvu Small (профиль Default)!
8. Получил DjVu Encoded1.djvu