Можно делать "в лоб":
WinDjvu - включаете нужный слой, выделяете все страницы на панели Страницы и сохраняете как картинки.
Если нет картинок, то может быть достаточно извлечь и пересобрать передний фон. Если есть, то скорее всего придется извлечь в режиме Цветной и перебинаризовать еще раз.