Причем желательно чтобы софт был бесплатен, так как будет устанавливаться на кафедральном компьютере в университете.
Программа DjVuOCR является бесплатной. Она умеет как декодировать Djvu в TIFF, так и вставлять результат распознавания в DjVu.
Можно, как вариант, поставить MiniDjVu Plus. Это вообще по лицензии GPL - так что комар носа не подточит - в плане легальности это просто "святая" программа.
MiniDjVu Plus также умеет декодировать DjVu.
Можно, кроме того, распознавать в CuneiForm - а не в Файнридере. CuneiForm - это российский свободно-бесплатный OCR пакет.