Если pdf векторный, то попробуйте функцию "Сохранить как текст" в Adobe Reader 9.
Если растровый - то извлекать страницы-картинки, например
вот этим комплектом и распознавать их в FineReader (что лучше) или CuneiForm (что бесплатнее).
Растровый от векторного легко отличить при сильном увеличении текста - векторный сохранит округлость букв, в растровом буквы будут "лесенкой".