Да, все тестировалось под Linux. С другой стороны, все программы, которые используются, доступны и под Windows.
Про удаление заднего плана я думал, но это опасная операция, можно легко потерять информацию и не заметить этого.
Еще хочу посмотреть, будет ли работать Ваша утилита по смене DPI на всех страницах, потому что не вижу способа легко сделать это с помощью DjVu Libre.