Я думаю, что они (ABBYY) просто очень спешили. С чисто технической точки зрения явно нет никаких препятствий к тому, чтобы сделать традиционную побуквенную/пословную OCR-детализацию.
И ещё - заметьте такой положительный момент - чтобы у ABBYY не попросили - они обязательно это делают - рано или поздно. Если, конечно, это не противоречит их маркетинговым установкам (как в случае с просьбой о раздельном экспорте OCR-слоя или о консольной версии FR). Вообще-то ABBYY молодцы - вот ту же полноценную поддержку DjVu сделать не так уж просто им было - пришлось решиться на покупку DjVu-лицензии от Caminova, а ведь это коммерческий риск, да и сам формат DjVu имеет популярность только в Рунете, кроме того платёжеспособность создателей DjVu ИМХО под вопросом. Всё это риски для ABBYY. Наверняка поэтому другие коммерческие OCR-продукты не имеют генерации распознанного DjVu на выходе.
Но я думаю, что в ABBYY поступили совершенно правильно, реализовав сохранение в DjVu в FineReader 11. Пусть даже они от этого получат малую прямую коммерческую выгоду (скорее всего), зато это нововведение будет иметь, так сказать, синергетический эффект. То есть, это по-любому приведет к росту рынка около-OCR деятельности - на чём ABBYY и заработает.
Реализация сохранения в DjVu в FineReader 11 - это как маленький снежок, который вызовет лавину. Так что ABBYY не прогадало ни капли.
В общем, теперь осталось аккуратно время от времени просить ABBYY исправить косяки, связанные с DjVu. И чем больше народу попросит об этом на форуме ABBYY - тем лучше.