Проблема действительно сложная. Я конвертирую в DJVU сотни!!! гигабайт файлов PDF.
(книги и подшивки журналов, в основном научных). В, примерно, 70% случаев срабатывает автомат "Pdftodjvu LE v0.1" (очень удачная разработка, другие аналоги реально хуже, а их я пробовал все). В оставшихся 30% нет общих правил, и действовать приходится нестандартно.
Ваша схема "PDF->TIF->DjVu" действительно универсальна, но хороша для небольших и средних файлов с невысоким разрешением и, к тому же, не поддается автоматизации (пакетированию).
Трудность здесь одна (и главная) - получить приемлемое качество при размере, значительно меньшем, чем у PDF-файла.
Я, вроде бы, нащупал некий способ автоматизации конверсии "плохих" PDF-файлов.
Способ использует пакетное преобразование по двум схемам с помощью Adobe Acrobat (лучше 9-ой версии).
1. Упрощения схема пакетного преобразования PDF-файлов в стандарт PDF/X с обработкой и проверкой файлов "на плохое содержимое". Эта схема хорошо работает для конверсии подшивок однотипных журналов. Но в общем случае дает сбои (видно не всё хорошо и безошибочно в королевстве Adobe!!!). Но в 20% остатка этот подход срабатывает.
2. Усложненная схема пакетного преобразования PDF-файлов работает как PDF->PS->PDF/X.
Хотя, казалось бы, все аналогично п. 1, но эта схема почему-то дает 25-28% решения проблемы исправления PDF-файлов (почему - не понятно!).
Но все же проблемы остаются. И в этом смысле формат PDF я считаю недоработанным, не полностью стандартизированным. Где-то там сидят баги!